Whipples sjukdom (Whipple's disease, WD) är en kronisk infektionssjukdom som primärt drabbar tunntarmen, men flera andra organ kan engageras, såsom leder, hjärna, lungor och hjärta. Infektionen kan vara svår att misstänka då den är relativt sällsynt och har ospecifik och ofta långvarig symtomatologi.