Normalt är urinvägarna sterila med undantag för yttersta delen av uretra, som är koloniserad med bakterier från huden, tarmen och slidan. För att undvika förorening av kastat prov låter man första portionen urin skölja bort uretra-floran innan själva provet samlas. Så lång blåsinkubationstid som möjligt är önskvärd (minst 4 tim, helst morgonurin). Då har bakterierna i urinblåsan vuxit till och dominerar över eventuell normalflora. Vid pyelonefrit-misstanke behövs detta inte. Om man vill minimera kontamination väljer man tappat prov eller, i synnerhet hos spädbarn, blåspunktion.