De viktigaste gastroenteritrelaterade protozoerna är Cryptosporidium, Entamoeba histolytica och Giardia intestinalis. Diarré kan också orsakas av andra protozoer t ex Cyclospora, Cystoisospora samt av microsporidium (opportunistisk infektion). Cryptosporidium är vanligt förekommande i Sverige, även Giardia förekommer relativt ofta inhemskt, de övriga är förknippade med utlandssmitta. Två vanliga protozoer, Dientamoeba fragilis och Blastocystis hominis har en tveksam patogenicitet men har i vissa fall kunnat associeras med gastrointestinala symptom.
Maskinfektioner kan också ge tarmsymptom. Intestinala maskar är tex bandmaskar (Taenia saginata, T. solium, fiskbandmask med flera), rundmaskar (Strongyloides stercoralis,
Ascaris lumbricoides, springmask, hakmask med flera) samt flundror som tex leverflundra (Fasciola) och Schistosoma spp. Maskar sprids på olika sätt i miljön, fecalt-oralt eller via mellanvärdar, huvudsakligen i tropiska eller subtropiska områden. Symptom kan uppkomma lång tid efter smitta och efter vistelse i tropiska områden. Hos människor uppvuxna i tropiska områden kan screening även vid symptomfrihet vara indicerat.